Идея создания уникального в своём роде учреждения, объединяющего в едином комплексе и научные изыскания в области молочного дела и практическую подготовку специалистов этого направления, появилась ещё в конце XIX века. Потребовалось около двух десятилетий для начала воплощения идеи в жизнь. В 1911 году было принято правительственное решение об учреждении Вологодского молочнохозяйственного института.

Закон учреждал в Вологодской губернии в приобретенном у вологодского купца Фридриха Бумана имении молочнохозяйственный институт, который стал родоначальником аграрной науки и аграрного образования в области переработки молока, комплексного решения вопросов кормления, разведения и содержания молочного скота.

За вековой период своего становления и развития неоднократно менялись названия вуза. В июне 1995 года Молочному институту присваивается статус «академия». В июле этого же года выходит Постановление Главы администрации Вологодской области «О присвоении Вологодской государственной молочнохозяйственной академии имени Николая Васильевича Верещагина».

Сегодня Вологодская государственная молочнохозяйственная академия имени Н.В. Верещагина - один из старейших вузов Северо-Запада и единственный в России молочнохозяйственный вуз. За всю свою историю вуз подготовил более 100 000 специалистов для различных отраслей народного хозяйства страны. По итогам мониторинга вузов, который согласно федеральному закону «Об образовании в РФ» проходит каждый год, академия стабильно признается эффективным вузом.В конце 2019 года Вологодская ГМХА вошла в список опорных аграрных вузов России, представленный Минсельхозом РФ, и ежегодно подтверждает свой статус.