Факультет агрономии и лесного хозяйства – один из старейших не только в академии, но и в Северо-Западной зоне Нечерноземья. Для развития сельского хозяйства стране потребовались кадры высшей квалификации. В связи с этим Правительство СССР 29 ноября 1929 года издало постановление о реорганизации Вологодского молочнохозяйственного института. В нем учреждалось 3 факультета: технологический, зоотехнический и агрономический. На агрономическом факультете было создано 3 кафедры: растениеводства, земледелия и агрохимии, ботаники и физиологии растений.
До 1935 года только на кафедре ботаники и физиологии растений был профессор геоботаник Н.В. Ильинский, а на остальных кафедрах работали старшие преподаватели без ученых степеней и званий.
Специалисты направлялись на работу в хозяйства всех зон страны.
В 1935 году на должность зав. кафедрой растениеводства был принят кандидат с.-х. наук, и.о. профессора А.А. Наливкин.
Кафедрой почвоведения, агрохимии и земледелия заведовал ст. преподаватель С.И. Красногорский. Он вел курс почвоведения и земледелия. Курс агрохимии вел ст. преподаватель В.С.Губарев. Генетику, селекцию и семеноводство читали ученые из Ленинграда кандидат с.-х наук П.Н. Гусев, а также профессора В.Г. Красочкин и В.В. Суворов. Курс защиты растений читал приглашаемый из Ленинграда преподаватели Аксинин.
В 1938 году организована кафедра генетики, селекции и семеноводства. В этом же году на заведование кафедрой земледелия приехал кандидат с.-х наук (позднее профессор) С.И. Ильменев, а на чтение курсов агрохимии и почвоведения были приглашены кандидаты с.-х наук А.Я. Антыков и Л.Л. Рубановский.
В 1940 году чтение курсов генетики, селекции и семеноводства проводил канд. с.-х наук Н.М. Завадский.
Весной 1941 года профессорами Н.А. Анцифровым и Н.М. Завадским было организовано показательное опытное хозяйство. В военное время коллекционные и опытные посевы занимали от 1,6 до 2,3 га.
В 1947 году агрономический факультет был переведен в г. Киров.
В 1961 году на основании Постановления Совета Министров РСФСР от 27 сентября 1960 года № 1491 был вновь открыт агрономический факультет при ВМИ. Одновременно начало действовать и заочное отделение агрофака. Было создано 4 кафедры, их возглавили кандидаты с.-х наук, доценты:
- кафедру ботаники и физиологии растений – Б.К. Кармановский (1961-1965 гг.),
- кафедру растениеводства и луговодства – Г.И. Сажинов (1961-1975 гг.),
- кафедру генетики, селекции и семеноводства – Н.Г. Дударь (1961-1969 гг.),
- кафедру почвоведения, агрохимии и земледелия – В.А. Усов (1961-1975 гг.).
В 1965 году кафедру ботаники и физиологии растений соединили с кафедрой селекции и семеноводства. Возглавлял ее Дударь Н.Г. до 1969 г., Ю.Н. Яблоков (1969 – 1978 гг), Н.П. Трифонов (1978 – 1988 гг), А.Н. Шамраев (1988 –1998 гг).
В 1965 году кафедра почвоведения, агрохимии и земледелия была разделена на кафедру земледелия и кафедру почвоведения и агрохимии. Кафедру земледелия возглавлял В.А. Усов, а кафедру агрохимии и почвоведения – А.С. Шулов (1965-1970 гг). В 1970 году кафедры вновь объединились до 1975 года под руководством В.А. Усова. В дальнейшем возглавлял объединенную кафедру В.Н.Воропаев (1975-1980 гг.). В 1980 году кафедра вновь разделилась на две и их возглавили: кафедру земледелия – Б.Г. Агеева (1980-1990 гг.), Ю.Г. Дубов (1991-1998); кафедру агрохимии и почвоведения – А.А. Суков (1981-1998 гг.).
Кафедрой растениеводства руководили: Т.А. Виноградова (1975 - 1979 гг.), В.В. Сиплов (1979 - 2003 гг.).
С 2003 года кафедру возглавляла доц. О.В. Чухина.
В 1973 году открыта аспирантура на кафедре земледелия.
В 1997 году открыта специальность «Лесное хозяйство» и в связи с этим в 1998 г. были организованы три кафедры. Их возглавили:
- кафедра земледелия и агрохимии – проф. Суков А.А., с 2004 - 2008 гг. доц. Капустин Н.И., с 2009 г. – Степанова Т.А.
- кафедра растениеводства – доц. В.В. Сиплов, с 2003 г. – доц. Чухина О.В.
- кафедра лесного хозяйства – доц. Т.А. Степанова (1998), Конюшатов О.А. (1999 - 2005 гг), С.А. Корчагов (2005 - 2006 гг.), с 2006 г – доц. Дружинин Ф.Н.
Сотрудники кафедр проводили научно-исследовательскую работу по вопросам повышения плодородия почвы, наиболее эффективного использования земельных угодий, повышения урожайности зерновых и кормовых культур, борьбы с сорняками, повышения эффективности минеральных удобрений, создания высокоэффективных лугов и пастбищ. Для этих целей был расширен коллекционный питомник до 7 га. И на землях ГУСП «Молочное» для факультета в 1971 году под руководством проф. М.Ф. Стихина и Ю.Г. Дубова организовано опытное поле. В 1999 году на площади 12 га заложен дендрологический сад.
В результате проведенных исследований подготовил и успешно защитил докторскую диссертацию Ю.Г. Дубов, кандидатские диссертации: Б.Г. Агеева, Л.К. Полетаева, В.И. Шамраева, Е.А. Лоптева, Л.М. Дороговцева, З.Н. Краснобаева, Т.А. Степанова, О.В. Чухина, В.Н. Хомякова, Б.Н. Старковский, Щекутьева Н.А., А.Н. Налиухин.
Агрономический факультет возглавляли деканы:
- доцент Резников Ф.И. (1939 - 1941 гг.),
- профессор Анцифров Н.А. (1944 - 1946 гг.),
- доцент Заморышев А.В. (1960 - 1962 гг.),
- доцент Кармановский Б.К. (1963 - 1971 гг.),
- доцент Шамраев А.Н. (1972 - 1985 гг.),
- профессор Дубов Ю.Г. (1986 -1988 гг.),
- доцент Гребенщиков С.К. (1989 - 1996гг., 2002 - 2004 гг.),
- доцент Степанова Т.А. (1997 - 2001 гг.),
- доцент Старковский Б.Н. (2005 - 2012 гг.)
- доцент Чухина О.В. с 2012 г.
В состав факультета с 2007 года входит кафедра физической культуры.