Общее руководство академией осуществляет выборный представительный орган — Ученый совет Вологодской ГМХА.

Председателем Ученого совета является ректор академии.

В состав Ученого совета входят ведущие профессора, преподаватели и сотрудники академии.

Ученый совет:

• определяет стратегические направления развития ВГМХА им. Н.В. Верещагина,
• принимает решения по всем вопросам организации учебно-воспитательной, методической и научно-исследовательской работы,
• принимает решения по основным вопросам хозяйственно-финансовой деятельности академии.

Ученый совет академии не только поддерживает сложившиеся в течение столетия работы учебного заведения славные традиции, но и активно содействует развитию новых направлений научной, образовательной и культурной жизни академии.