В статье представлены методологические основы и подходы комплексной сравнительной оценки экономического потенциала отраслей на примере Вологодской области. Раскрыта сущность экономического потенциала отрасли, факторы его формирования и развития, представлена система показателей для комплексной оценки экономического потенциала отрасли. Раскрыта методика комплексной сравнительной оценки отраслей, этапы формирования значений интегральных показателей сравнительных оценок. Предложенная интервальная шкала значений сравнительной оценки позволяет дать качественную характеристику уровня экономического потенциала отрасли. Сформулированы выводы по результатам апробации предлагаемой методики на примере отраслей Вологодской области.