Показана необходимость рассмотрения модернизации сельскохозяйственного производства с позиции устойчивого развития, учитывающего негативное воздействие на окружающую среду интенсивных технологий в животноводстве. Предложены научные подходы, позволяющие решить экологические проблемы, связанные с интенсификацией животноводства. С использованием метода баланса питательных веществ и комплексной технико-экономической оценки обоснованы наукоемкие технологии переработки органических отходов животноводства. При оценке технологий были приняты критерии наилучших доступных технологий (НДТ) и показатели удельных капитальных и эксплуатационных затрат на сохранение и доведение до растений питательных веществ.